Мне показали удобную возможность для изменения промежуточных коммитов — git fixup, после прочтения этой статьи я попробовал изменить один из коммитов, действительно это просто.

1. Мы вносим изменения
2. Помечаем промежуточный коммит, в который нужно эти изменения применить git commit --fixup {commit_hash}
3. Ребейзимся по нужному предку git rebase -i --autosquash {some_parent_commit_hash}
4. profit!